UFG desenvolve testes para identificação de linhagens da COVID-19

As linhagens descendentes da variante Ômicron correspondem a mais de 99% dos casos de COVID-19 no Brasil, neste momento de retomada de crescimento da doença. Para melhor compreender a incidência de circulação dessas linhagens na população, estudos indicam que seria necessário sequenciar cerca de 5% de todos os casos positivos, o que possibilitaria detectar inclusive novas linhagens do vírus com maior agilidade. Mas devido ao custo e complexidade do sequenciamento genético, a porcentagem de amostras sequenciadas no Brasil é muito inferior (aproximadamente 0,5%) ao necessário, colocando o país em um cenário de vulnerabilidade.

E foi buscando  contornar essa realidade que a Universidade Federal de Goiás desenvolveu um teste rápido e de baixo custo para inferência de variantes do SARS-CoV-2.O teste foi desenvolvido no Laboratório de Biomicrofluídica, localizado no Instituto de Química da Universidade Federal de Goiás, baseado na técnica RT-LAMP (transcrição reversa seguida da reação de Amplificação Isotérmica Medida por Loop). A RT-LAMP, é a mesma técnica utilizada no teste de detecção da COVID-19 anteriormente desenvolvido na UFG, mas agora o teste é focado na detecção das mutações específicas das variantes. Assim como a RT-PCR, o teste usa uma técnica de biologia molecular que promove a amplificação de um fragmento alvo de DNA, o que possibilita a identificação específica do patógeno. A diferença é que este teste utiliza a mudança de cor da amostra para detecção de determinadas linhagens da Covid-19. Sua grande vantagem é que é mais simples e barato.

A inferência de variantes baseada em testes moleculares já vem sendo desenvolvida e utilizada para auxiliar a vigilância genômica em todo mundo. No Brasil, no período de dezembro de 2021 à abril de 2022, foram realizados 21.993 testes de inferência baseados em RT-qPCR (transcrição reversa seguida da Reação em Cadeia da Polimerase em tempo real). Entretando, a RT-qPCR ainda é uma técnica com custo razoavelmente elevado e necessita de instrumentação sofisticada.

A professora do Instituto de Química da UFG, Gabriela Duarte que coordena a pesquisa, explica que, inicialmente, como prova de conceito do teste, o grupo de pesquisa desenvolveu os testes RT-LAMP para inferência das linhagens BA.1 e BA.2 da variante Ômicron do SARS-CoV-2, predominantes no primeiro semestre de 2022. Em parceria com o Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo (Laboratório de Referência para COVID-19-OMS) da Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), os testes foram avaliados em um painel de 267 amostras clínicas previamente sequenciadas. Os testes RT-LAMP desenvolvidos apresentaram acurácia geral superior à 98 % quando comparado com o sequenciamento genético. Ela também explica que o teste pode ser adaptado para novas variantes predominantes, facilitando o rastreio das linhagens. O teste não descobre novas variantes, mas foca no sequenciamento nas amostras mais prováveis de apresentar as novas variantes, explica a professora.

Estes testes mostram que a eficácia do teste desenvolvido na pesquisa é suficiente para que possa ser aplicado na prática e auxiliar na vigilância epidemiológica. E essas são, segundo a pesquisadora,  as principais vantagens de se desenvolver esse tipo de teste: conhecer rapidamente o cenário epidemiológico e a racionalização do sequenciamento genético para a identificação precoce de novas variantes.